L’administration générale de la Congrégation est située à Rome où résident le Supérieur général et son Conseil. Pour une Congrégation de droit pontifical, il convient d’installer son administration générale au centre de l’Eglise.

À la tête de la Congrégation se trouve le Supérieur général. Il est élu par le Chapitre général qui se réunit tous les six ans. L’administration de la Congrégation ressort de façon collégiale de la responsabilité du Supérieur général, du Conseil général et des Supérieurs provinciaux et régionaux. À travers les chapitres, tous les frères sont impliqués dans la détermination des choix prioritaires.

L’administration générale des Frères de la Charité consiste en un Supérieur général, un Vicaire général et trois Assistants généraux. De plus, il y a un Secrétaire général et un Économe général.

Pour la période 2012-2018, les frères suivants ont été élus dans l’administration générale :

Fr. René Stockman

Supérieur général

Fr. Jos Mathijssen

Vicaire général

Fr. Jean Mbeshi

2e Assistant général

Fr. Victor Hugo Merino Conde

3e Assistant général

Fr. Adrian Hartotanojo

4e Assistant général

Le Collège pontifical belge

La maison généralice à Rome héberge également le Collège pontifical belge. C’est le séminaire pour les séminaristes et les prêtres qui font des études dans un des instituts pontificaux. Depuis 2009, Mgr. Dirk Smet y est le recteur.