Het hoofdbestuur van de Congregatie bevindt zich in Rome, waar de generale overste en zijn raad verblijven. Als congregatie met pauselijk recht is het zinvol het hoofdbestuur in het centrum van de Kerk te hebben.

Aan het hoofd van de congregatie staat de generale overste. Deze wordt gekozen door het generaal kapittel, dat om de 6 jaar samenkomt. Het bestuur in de congregatie gebeurt collegiaal tussen de generale overste, de generale raad en de provinciale en regionale oversten. Via de kapittels worden alle broeders betrokken bij het vastleggen van de prioritaire keuzen.

Het generaal bestuur van de Broeders van Liefde is samengesteld uit een generale overste, een vicaris-generaal en drie generale assistenten. Verder is er nog een secretaris-generaal en een generale econoom.

Voor de periode van 2012 tot 2018 werden de volgende broeders verkozen in het generaal bestuur:

Br. René Stockman

Generale overste

Br. Jos Mathijssen

Vicaris-generaal

Br. Jean Mbeshi

Tweede assistent

Br. Victor Hugo Merino Conde

Derde assistent

Br. Adrian Hartotanojo

Vierde assistent

Het Belgisch College

In het generaal bestuur bevindt zich ook het Belgisch College, d.i. het seminariehuis voor de seminaristen en priesters in opleiding aan een pontificaal instituut. Sinds 2009 is Mgr. Dirk Smet rector.